La gestión de la sanidad en una granja ecológica se debe basar en la prevención de las enfermedades, teniendo como puntos de apoyo una buena alimentación, el control de la densidad de animales y el acceso al exterior como fuente de salud.

Las instalaciones deben ser fáciles de limpiar y de desinfectar después de cada pollada para evitar que permanezcan bacterias patógenas en la instalación. Una medida que se aplica en algunas zonas es la utilización de gallineros móviles que se ubican en un campo diferente al finalizar un engorde.

El programa sanitario debe contemplar los problemas por parásitos internos y externos, bacterias, virus, hongos y los problemas debido al contacto con fauna silvestre.

La fauna silvestre, ya sean otras aves o ratas, ratones, insectos, etc., se concentran principalmente en los puntos de agua. La presencia de agua constituye zona de riesgo de contacto y transmisión de enfermedades. Si controlamos los puntos de bebida, el riesgo se minimiza, pero hay que tener claro que siempre hay un riesgo en el contacto con animales silvestres, como se ha visto bien claro en los casos de gripe aviar.

Para el control de los parásitos internos, la mejor medida es una adecuada gestión del patio y pastos a los que tienen acceso los animales. Si disponemos de grandes espacios, el problema se minimiza con una adecuada rotación de ellos y simplemente tendremos que prestar atención a las áreas cercanas a la nave, donde el paso y concentración de los animales es superior, desinfectándolos al finalizar el engorde.

Generalmente los animales no se distribuyen más allá de los 20 metros de la nave a menos que dispongamos de árboles que den sombra y cobijo a los pollos y que enriquezcan el espacio.

Para el control de parásitos como coccidias, áscaris, etc., se utilizan generalmente sustancias naturales, como extracto de ajo, administrados en los momentos de más riesgo de contagio para evitar su incidencia en los animales.

Para el control de parásitos externos, lo mejor es disponer de arena y ceniza donde los animales puedan realizar «baños» de una gran eficacia, complementados, si es necesario, con aplicaciones de aceites esenciales que repelen tanto a la sarna y como al piojo.

Para el control de bacterias hay dos alternativas básicas. La más evidente es mantener las densidades de animales bajas y estimular la inmunidad acompañados de un buen arranque de los primeros 35 días de vida. Usualmente es suficiente para mantener  un buen nivel sanitario y no sufrir alteraciones patológicas debido a bacterias. La otra alternativa es el uso de vacunas específicas contra los procesos que afecten a la instalación de forma crónica, de gran eficacia.

Los virus ya son harina de otro costal. La única prevención eficaz es el uso de vacunas en un programa vacunal mínimo estandarizado para cada instalación que debe garantizar la sanidad de los animales. Una infección vírica patógena puede fácilmente causar la muerte de muchos animales, por lo que su uso está justificado si hay un riesgo, por pequeño que sea.

Sin duda uno de los grupos de riesgo sanitario más frecuentes en una granja ecológica, aunque de baja intensidad habitualmente, son las infecciones micóticas. El exceso de humedad en el suelo y en las camas favorecen, no solo el desarrollo de este tipo de enfermedades, sino que inmuno-deprimen al animal favoreciendo la aparición de otras enfermedades. La prevención pasa siempre por el control de la humedad del suelo y del perfecto estado de los alimentos que se administran.