El reglamento (CE) Nº 1099/2009 entró en vigéncia el 1 de enero del 2013 y regula la protección de los animales en el momento del sacrificio por vacío sanitario así como establecer la cadena de actuaciones para preservar el bienestar en los animales, implicando a las autoridades competentes como garantes del bienestar en caso de vaciado sanitario de una granja por motivos de salud pública o salud animal, bienestar animal y medio ambiente, que deben supervisar adecuadamente el proceso.

Las comunidades autónomas deben elaborar un informe anual donde deben indicar cada actuación que han llevado a cabo, los sistemas utilizados, motivos, especie animal y número de animales afectados, así como las dificultades encontradas.