Para valorar la eficacia de un sistema APPCC en una instalación ganadera lo mejor es hacer un seguimiento mensual de los resultados y su eficacia. Son muchos los problemas que surgen en las primeras «sentadas» para cualificar el sistema APPCC.

Uno de los errores que se detectan más frecuentemente son el exceso de simplicidad o el exceso de control. En ambos casos generan una problemática que deriva en su ineficacia. En el primero pues no se detectan los riesgos y en el segundo se pierde demasiado tiempo realizando unos controles que hacen perder la concentración cuando se realizan.

La confusión entre lo que es una avería y un peligro es otra de las cuestiones que merman la eficacia de los APPCC. Si un motor se estropea o no llega agua por rotura de la canalizaciones, esto no son peligros, pero necesitan unos controles independientes que no tienen nada que ver con el APPCC.

Otro de los grandes problemas es aceptar peligros y no hacer nada para su control, es decir, aceptar la existencia de determinados peligros y no hacer nada para su control, o que no se pueden solucionar o incluso que se establezcan límites críticos  basados en criterios difíciles de valorar (un ejemplo de esto sería la denominada «cantidad de moscas: muy pocas, pocas, muchas o muchísimas moscas»)

Normalmente el sistema APPCC está diseñado en una granja para detectar contaminaciones cruzadas, como por ejemplo para controlar la trazabilidad del pienso que le ofrecemos a nuestros animales, así evitamos mezclar 2 o más tipos de piensos en el mismo silo. Para evitar muchos de estos problemas es importante llevar una hoja de registro, donde se anote desde el encargado de hacer la revisión y registro, pasando por la fecha de la revisión, y si el estado se adapta a los requisitos, así como una columna de observaciones por si fuera necesario añadir alguna cosa.

Cuando el sistema es fácil, ágil, rápido y existen pocas incidencias y la detección de los riesgos es inmediata así como las medidas preventivas a llevar a cabo, hablamos de un sistema de APPCC correcto o adecuado al desarrollo de nuestra actividad.

Una vez que tenemos documentados las revisiones e inspecciones es prudencial descubrir y señalizar los puntos críticos a controlar. Un ejemplo de esto sería el silo de pienso. Sería conveniente tenerlos señalados y numerados, además deberíamos incorporar en algún departamento estanco la etiqueta del pienso. Sería adecuado que el transportista cambiara el etiquetado del pienso una vez que ponga uno nuevo para garantizar la trazabilidad del pienso y de los animales.