El exopolímero que forma el biofilm otorga protección frente a biocidas y medicamentos a las bacterias además de prevenir la dispersión de las sustancias nutritivas y de la desecación por falta de agua en momentos determinados. Así de este modo las bacterias del biofilm tienen un crecimiento lento pero continuo en condiciones normales.
Del mismo modo se ha podido demostrar que los limpiadores químicos mejoran el arrastre de la suciedad en el agua al disolver los residuos y reducir la tensión superficial, pero su eficacia frente a los exopolímeros asociados al biofilm todavía se encuentra en entredicho, básicamente porque la mayoría no contemplan la estructura glicoproteica que lo mantiene adherido a las superficies de las tuberías.
Mientras tanto se ha podido demostrar que las bacterias del biofilm resultan entre 10 y 1000 veces más resistentes que si se encuentran solas a biocidas oxidantes como el cloro, el yodo o el ozono. Esta característica los hace difíciles de eliminar o incluso de controlar en las tuberías de suministro de aguas en las granjas, y más aún cuando estas son estrechas, rugosas y con grandes superficies en proporción donde adherirse, con muchas circunvalaciones (vueltas y subidas y bajadas que a menudo parecen montañas rusas) y caudales de muy baja velocidad, con capacidad de arrastre nulas.
Las bacterias que se encuentran en los biofilms además presentan a menudo resistencias a antibióticos como son la penicilina, estreptomicina, tetraciclina, gentamicina así como muchas otras moléculas. Este acantonamiento de bacterias resistentes en la misma agua donde tiene lugar los tratamientos sólo hace que encender más la problemática de bacterias resistentes en las granjas.
Pero ¿por qué crecen biofilms en las tuberías de agua? El suministro de agua potable a los animales presenta unas trazas mínimas de nutrientes que por si mismas son suficientes para permitir el desarrollo de las bacterias que posteriormente formaran el biofilm. Los altos niveles de biocidas contribuyen a evitar la formación del biofilm en si, pero las características de las conducciones contribuyen a su proliferación y se establece un equilibrio precario que a la mínima desencadena en su formación (del biofilm) y se autoprotege del efecto de los biocidas.