La vacunación in ovo se ha convertido en el estándar para la prevención de la enfermedad de Marek  y la enfermedad de la bursitis infecciosa, por su facilidad de aplicación, velocidad (más de 50.000 huevos/hora) y eficacia, siempre que se disponga de la tecnología adecuada.

Incluso actualmente con esta técnica se busca conquistar el control de otras enfermedades continuamente, por las ventajas que supone:

• Mayor protección de los pollitos por la mayor precocidad, precisión y uniformidad de la vacunación y por lo tanto de la inmunización,
• Menor estrés para los mismos por suprimir manipulaciones después de la eclosión,
• Menor coste laboral de la vacunación
• Menores riesgos sanitarios (si se realiza correctamente con una higiene adecuada).

Sin embargo, es importante considerar los factores que influyen en el éxito de la inmunización y los riesgos que entraña para el huevo, puesto que una mala aplicación puede ser desastrosa, no sólo por el fracaso de su cometido sino también por las lesiones que se pueden ocasionar al embrión.

Entre dichos factores, los cuales interaccionan entre ellos, se consideran: la edad del embrión, el lugar de inyección, la respuesta inmune, la preparación aséptica de la vacuna, la higiene en la sala de incubación y la higienización del equipo de vacunación. En cualquier caso conviene llevar a cabo alguna forma de control de calidad y programar la actuación de forma que se integre en la rutina de la sala, a fin de maximizar tanto la calidad del pollito como su correcta inmunización.

En lo relativo al desarrollo del embrión, más allá del momento ideal conviene considerar también las diferencias de desarrollo que pueden darse a una misma edad en función de las incubadoras usadas y el manejo de los huevos en la sala (una transferencia tardía a la nacedora favorece unos mejores índices de eclosión, por ejemplo).

Así es más importante corroborar el desarrollo morfológico del embrión en el momento de la vacunación, que no considerar el tiempo que lleva incubándose el huevo (existen diferencias de timing en el desarrollo en función del modelo de incubadora).

El momento óptimo para la vacunación in ovo está entre los 17,5 días y los 19,2 días de incubación, lo cual se corresponde entre el momento en que el saco vitelino empieza a meterse en el abdomen y el embrión coloca su cabeza bajo el ala derecha, pero antes de que el embrión empiece a picar la cáscara, por el riesgo de rotura de la misma si ya existen varios agujeros en la estructura (siempre debería hacerse con menos de un 1% de huevos en este estadio de desarrollo).

 El momento óptimo para la vacunación in ovo está entre los 17,5 días y los 19,2 días de incubación

El siguiente factor a considerar, a fin de asegurar una buena inmunización y minimizar lesiones, es el lugar de inyección. Se ha observado que a diferencia de otros compartimentos, inyectar el antígeno en el líquido amniótico o dentro del cuerpo del embrión aseguran una buena inmunidad (>90%). Sin embargo, el huevo es una entidad dinámica que cambia el tamaño relativo de sus compartimentos (alantoides, saco vitelino, líquido amniótico, cámara de aire y cuerpo del embrión) y su posición.

En cualquier caso, la vacunación dentro del cuerpo del embrión, aunque eficaz en términos de inmunización, es más probable cuanto más tardía es la vacunación y además entraña riesgos de lesión para el embrión si es demasiado profunda. Conviene pues asegurar que la posición del huevo, el punto de punción y la profundidad de penetración son adecuadas al desarrollo del embrión en el momento de la vacunación.

El huevo es una entidad dinámica que cambia el tamaño relativo de sus compartimentos (alantoides, saco vitelino, líquido amniótico, cámara de aire y cuerpo del embrión) y su posición.

El último factor a considerar no por obvio debe considerarse tanto o más importante que los demás. Este factor es la higiene de la operación. Al penetrar con la aguja dentro del huevo estamos creando una solución de continuidad entre el ambiente exterior y el interior del huevo, hasta el momento presumiblemente estéril (si está libre de infecciones de transmisión vertical y la cáscara conserva toda su integridad).

La higiene en conjunto se extiende desde la elaboración de la vacuna en el laboratorio, pasando por su preparación en la sala de incubación junto a la máquina de vacunación, la correcta higienización de la as agujas entre huevo y huevo, la higiene de la superficie de la cáscara y finalmente la calidad del aire en el momento de la vacunación.

Cualquier caída de los estándares en tan solo uno de esos aspectos de la higiene entraña el riesgo de introducción de patógenos en el huevo

Cualquier caída de los estándares en tan solo uno de esos aspectos de la higiene entraña el riesgo de introducción de patógenos en el huevo, los cuales no sólo pueden perjudicar el éxito de una correcta inmunización sino hasta comprometer la calidad o la viabilidad de los pollitos.

Desde esta óptica puede entenderse como son de claves en el éxito de la vacunación factores aparentemente externos a la misma por generales, como son la correcta higienización de la superficie de los huevos y el nivel de higiene general en la sala de incubación.